Het NMR is een middelgroot museum, maar binnen de natuurhistorische sector één van de grotere instellingen, met een relatief grote inhoudelijke invloed.
Het NMR is uniek in Nederland wat betreft de aandacht voor urbane ecologie (stadsecologie). Het museum is gehuisvest in een historisch gebouw (Villa Dijkzigt, het voormalige woonhuis van de familie Van Hoboken, een ijksmonument) en beheert een collectie met een rijke traditie, die teruggaat tot het midden van de 19e eeuw. Het museum is in 1927 opgericht als Natuurhistorisch Museum Rotterdam. Van 1986 tot 2005 is die naam tijdelijk anders geweest: destijds vond men de term Natuurmuseum Rotterdam ‘dynamischer’ klinken. Om toch het werkveld van het museum te omvatten is de naam later weer gewijzigd in Natuurhistorisch Museum Rotterdam.